いいえ、操縦できません。
特殊小型船舶免許は、水上バイク（ジェットスキー、マリンジェット）専用の免許です。ボートを操縦するためには、1級小型船舶免許、または2級小型船舶免許が必要です。
同時に、1級または2級小型船舶免許を持っていれば、特殊小型船舶免許がなければ水上バイクを操縦することもできません。